是将自然力量仪式化和神秘化之后的产物，是道教所衍生出的一种实用性的方法，祝由术则是医道的一种秘术，这种秘术据说也有念咒做法治病救人的功效。
但祝由术和茅山法术和在治病救人的方法论上，有着根本性上的不同。
关于祝由术的由来，据说起源于远古三皇五帝时期，当年轩辕黄帝见百姓受到疾病困扰，而那些妖气与邪气趁着人虚弱之际，蚕食人们的魂魄与血肉，使得人类无法走出疾病的困扰，于是，黄帝命手下大臣设“祝由”这一官职。
担任这个官职的人，是一群精通玄学和医术的人，这群人搜集百病的起源，并归纳总结出一套治病救人的方案。
但当时，由于许多疾病无法通过古老的医疗手段进行治疗，但看着在病痛中哀嚎的人民，这些官员祈求苍天赐予智慧。
当年黄帝与蚩尤大战之时，九天玄女曾经赐予天地运行的奥秘，这些担任祝由的官员们，就凭借着对于天地大道的体悟与观察，创造出了一套基于玄学理论，并通过实践与推理得到的医道秘术，据说这种秘术可以通过文字化为符咒，来达到驱除疾病，安神招魂的目的，这种文字符咒，据说当时有一百七十道，这种秘术流传下来，就被称之为祝由术。
后来，中医体系逐渐的建立，实践之中得到的经验又由，张仲景、陶弘景、孙思邈、华佗、扁鹊等，中国古代医师不断的总结归纳，优化之后，行成了中医理论体系，而祝由术的内容，也被拆开，融入了中医理论体系，其中神秘的秘术在流传之中也就失传了。
直到宋朝之时有节度使雅奇受命治理黄河，在清理黄河河道之时，发现了一个刻印着奇异文字的石碑。
这石碑以巨石整体打造，上面刻有五十八个奇异的文字，这些文字虽然字形像是古体汉字，但识字的人却无法理解文字的含义。
众人好奇，于是争相来观看石碑上的古文字，有的人看完之后，神清气爽，精神百倍，身上的一些顽疾和暗伤竟然慢慢的痊愈了。
而有的人看完之后反而一蹶不振，精神萎靡，
不久健康
的身体也生出了各式各样的怪病。
于是人们啧啧称奇，将这则传闻传给别人听，正巧这有一个深谙玄门数术的张道士外出游历，听闻了此事便冥冥中心有所感，于是来到黄河边上，巨大石碑之前观摩。
看完之后，张道士对一旁的众人说道，
“此上记载的乃是祝由之术，是当年黄帝一百七十个符咒中的五十八种秘术符咒，有移精变气的功效。但用法若不当，反而会产生疾病，待老道我记下来，诸位再将这石碑埋入这黄河之中，以免误伤好人，或被奸诈之人利用。”
于是这张道士就记载下这五十八个文字，又指引众人，将这石碑重新埋入黄河之中。
张道士后来就将这五十八个祝由术的法咒编订成册，注明各个符咒的用法和功效，然后流传后世，祝由术也因此，在失传之后又得以重新流传，到了明朝时期，皇帝设太医院，有十三个科室，这第十三个科室，就是祝由科的医道秘术，据说祝由科的秘术实行范围非常广阔，能够缓解病痛，治好小儿夜哭，就连妇女怀孕生子，意外跌打损伤，虫兽的撕咬损伤都可以进行医治。
而且，祝由术延伸起来，还有“满水招财”“化形变鹤”“吹毛变虎”等法术。
不过，也因为祝由术太过于离奇和强大，在古代，只有皇室内的太医院，和道教秘法之中才有流传，民间并未兴起。
清朝乾隆六年，祝由术由官方编订，分成了乾、元、亨、利、贞这五册流传于世，这祝由术五册秘典之中，医道流传的秘术又分为了十三个科目，
被称为“太上祝系天医十三科”，
分别是大方脉、诸风科、胎产科、眼目科，
小儿科、口齿科、诸外科、伤折科、耳鼻科，
金簇科、疮肿科、书禁科、砭石科。
这十三科，主治疑难杂症，又被称为祝由十三科，如今随着科学的进步，中医也将这些科目里，那些比较迷信和神秘的符箓咒法之类的东西，全部摘除，以免影响到中医的科学发展，但祝由术的医道体系，在经历千年的传承中，并不是那么好摘除出去的。
所以，现代中医理论中，保留了那些比较好的祝由术治疗方法，并赋予一些古籍，比较科学合理的解释。
例如中医理论中有“六淫”的理论体系，这种理论认为，健康的人体本身，就是一个完融的小周天世界，外界的六中不同的气候，会使得人们自身的小世界受到干扰，因此，人才会生出来各种各样的疾病。
例如《红楼梦》第五十一回，胡庸医乱用虎狼药中就提到，晴雯因为要在雪天捉弄麝月，受到了冷风吹袭，回来之后又经暖气蒸腾，一冷一热之下就感染了伤寒，这种伤寒，就是中医理论中，“六淫”之一的寒邪引起的病。
是因为外界寒冷的邪气所引发，医治这种疾病，对于比较轻的患者，老中医会开一些紫苏、桔梗之类的药物疏散邪气，但对于那些病入膏肓的病人，即使是老中医开药方也无济于事，这个时候，古代那些有经验的老中医就知道，药剂和针灸都是不管用的了，他能做的，只能够听天由命。
但，中国古老的哲学里，医道一脉的秘术中，为了治病救人，安慰重病患者，也衍生出了与苍天鬼神争夺生命的秘术，这就是祝由十三科中书禁科的秘术咒法。
这也是太上祝系天医十三科最神秘的部分，这部分内容由古代中医世家父子或内门弟子间传承，在道教体系之中，也有着隐秘的流传。
一旦古代中医用尽医术也无法医好一个病人，这时候，这个古代医者就会选择用符咒之法治病。
古中医认为，人生病是因为，风邪、寒邪、暑邪、湿邪、燥邪、火邪，六种淫邪之气侵袭人们的身体。
既然药剂针灸都无法奏效，那只有请动正神，引入天地正气，来驱散邪气。
这种方式和茅山术的理论有些类似，医师也会如同道士一般严守戒律。
一般要施展祝由术里书禁科神秘的内容，医师先要清净斋戒百日，然后内心平静，心无杂念，用心专一，然后以正直之身引入天地间神秘的正气，将自轩辕黄帝时期流传而来的符咒画出，这种符咒据说是远古的智者仓颉与天地达成的契约，符咒中的文字本来就有着无与伦比的灵性，符咒之中，以“雨”字为君，以“鬼”字为臣，以“尚”字为将，以“食”字为兵，以其他的字或对症或克制疾病为先锋。
从而能够对症消除疾病，达到康复身体的目的。
看起来这套流程很轻松，古代医师施展祝由术，其实是很繁琐的，例如“治骨鲠法”这一个祝由术，骨鲠是中医的一术语，指那些因为吃食尖锐的骨头或骨刺，卡在喉咙里溃烂发脓导致的疾病。
施展祝由术时，医师要左手以法诀托住水碗，右手食指中指并拢做剑决，在水碗中画下视频中的这几个符字，然后由施术者念咒，念得是，
“碗水化为海滨，喉咙化为万丈深潭。九龙归洞化如泥。喉咙功成之日，名书上清吾奉。太上老君急急如律令”
念完咒，右手再在碗里再画三个字符，然后再念一通咒语，做足和右足分别踏上画出的不同文字，然后，用“雨”和“鬼”两个字组合其他字符，画出来九个字符，这九个字符，被称为“九龙入海”。
到这里还没完，如果卡嗓子的骨头是猪骨头，那么字符要用“雨”“鬼”和“虎”这三个字组合，卡住嗓子的是鸡骨头，就把“虎”字换为“凤”字，如果卡住嗓子都是鱼骨头，就换成“龙”字，然后再将这碗水给患者，患者朝东面喝下去，就可以解决骨头卡嗓子而化脓的问题。
这种在我们现代人看起来比较荒唐的事情，在古人的眼中，是非常严肃且庄重的仪式，
在医疗条件落后的情况之下，祝由术是那些怀有仁慈之心，但对病患的病痛无能为力的医师，最后的手段，也许这种神秘的法术有着治疗人们疾病的功效，也许这种法术就是一种心理的安慰，祝由术能够带给那些患病之人谜一样的安心，让他们能够脱离片刻对病痛的忧愁，能够在心理上缓解病人的痛苦，同时，也能够缓解那些因为束手无策，而无比沮丧和悲伤的医师。
一旦一个古代医师施展祝由术之后，病患依然无法痊愈甚至死亡，医师也只会感叹天命如此，自己尽了人事，也就无愧于心了，可以迅速的调整好心态，医治下一位病人，在某种程度上来说，祝由术不仅仅能够安慰那些病患的心理，也可以安慰那些古代怀有仁德之心的医师。
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符咒术来源于古代巫术，它是以中国古已有之的萨满教咒术信仰为基础，并在吸收了巴、氐等少数民族原始宗教的某些符咒术及仪式的基础上发展起来的。这正如有的学者所认为的那样：“符箓之事始于张道陵，符箓故非中国汉字也。
故余疑其为西南少数民族宗教，向非汉族之宗教。”反过来，道教符咒术的发展和完善，又进一步促成了符咒术的进一步世俗化和民间化。这是由于符咒术本来就来源于民间，所以这些发展和完善了的道教符咒术很容易在民间广泛流行。
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